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高等學府的肇始可追溯至十一世紀的博洛尼亞，彼時眾多專研語法學、修辭學及邏輯學的學者云集于此，合力闡釋古老的羅馬法典籍。這些學者最初的研究主要聚焦于法律領域，其中最早見于記載的學者包括佩波內、依內里奧和格雷茨亞諾。皇帝費德里克一世采納了依內里奧四位學生的意見,于1158年發布命令,明確大學可以免受任何勢力干涉,以學術機構的名義獲得自主權。十四世紀起,在法學專業之后,博洛尼亞大學又吸引了許多邏輯學、天文學、醫學、哲學、算術、修辭學以及語法學領域的學者入駐。1364年,這所大學增設了神學院。許多在科學和文學領域享有盛譽的人物，都曾在此接受教育、進行學術探索或擔任教職，他們中聲名最為顯赫的包括圭多·圭尼澤利、但丁、弗朗西斯克·彼特拉克、奇諾·達皮斯托亞、切科·達斯科利、雷·恩佐、薩林貝內·達帕爾馬以及科盧喬·薩盧塔蒂。博洛尼亞大學于十五世紀經歷了輕微的規模縮減，不過仍然留住了眾多知名學者，比如安德烈亞·阿爾恰多，并且那時也開設了希臘語和希伯來語的課程。到了十六世紀，這所大學首創了一種名為“自然魔法”的教學內容，這種教學實際上就是我們現在所說的實驗科學。那個階段里，彼得羅·蓬波納齊（），憑借對自然科學的鉆研，對舊有的神學觀念提出了質疑，同時，烏利塞·阿爾德羅萬迪（ ），則開創了自然科學領域，他在藥物學方面成就斐然，還細致地整理歸類了眾多動物標本、古生物遺存以及自然界的奇異現象。那個年代，大學院校也成為了代數學研究的重鎮，代表人物有卡爾達諾和費羅。十六世紀時，加斯帕雷·塔利亞科齊著手開展整形外科的早期探索，十七世紀則成為博洛尼亞醫學蓬勃發展的關鍵階段，馬爾切洛·馬爾比基運用顯微鏡從事人體解剖學的教學與鉆研。他們的貢獻推動醫學在此期間取得顯著成就。博洛尼亞大學長久以來是世界文化學術界的核心，但在兩次世界大戰期間博洛尼亞大學，研究和教育的中心發生了轉移。不過，隨著發達國家教育體系持續更新和發展，該校始終保持著關鍵作用，并且成功推動了歐洲大學制度的變革。1988年9月18日，正值博洛尼亞大學創辦九百周年博洛尼亞大學，來自歐洲的四百三十位大學校長齊聚博洛尼亞中心廣場，集體簽署了歐洲大學憲章這一重要文獻