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約翰霍普金斯大學生物醫學工程碩士項目為學生提供傳統工程學科的理論指導，讓學生能夠接觸專業的生物醫學工程課題，并有機會參與有指導的科研項目(需選擇“thesistrack”degree)。學生需要從BME項目下設的7個領域中選擇一個自己感興趣的方向去修讀。

約翰霍普金斯大學生物醫學工程專業領域

1. Computational Medicine (計算醫學)

Computational Medicine是一個致力于通過用數學、工程和計算機科學來理解人類疾病的機制、診斷和治療的定量方法的新興課程。CM的核心方法是開發疾病分子生物學、生理學和解剖學的計算機模型，并將這些模型實際應用到醫療中，以改善對病人的護理。

2. Imaging & Medical Devices (成像&醫療裝置)

Imaging & Medical Devices將數學、物理和生物系統與新型設備和計算算法工程相結合，是一個以新技術和數據密集型分析為中心的項目。

3. Neuroengineering (神經工程)

Neuroengineering在當今生物醫學和生物工程領域中是一個新興且快速成長的基礎研究途徑。Neuroengineering利用工程工具去調節中樞、周圍和自主神經系統(CNS, PNS & ANS)的功能。BME-Neuroengineering旨在在醫學領域開發新的以工程為中心的技術，這些技術將用于醫學領域中的篩查、診斷、預后、康復、修復和再生。

4. Biomedical Data Science(生物醫學數據科學)

Biomedical Data Science的核心是理解如何能夠最好地分析大量的生物醫學數據，以探索和發現關于生命系統在人類健康和疾病中起到的作用的新知識，并探索如何利用這些知識為人類提供更好且更能夠被負擔的起的醫療保健。

5. Genomics & Systems Biology (基因組學&系統生物學)

Genomics & Systems Biology是一個植根于生物醫學工程的學科，致力于用先進的數學和建模方法去理解構成人體的多尺度是如何維持人體健康和引發疾病的。

6. Immunoengineering(免疫工程學)

Immunoengineering利用免疫系統的力量來治療疾病，比如說癌癥，并且通過促進組織再生去改善愈合和修復。該項目通過應用工程方法去定量地理解在和臨床相關背景下的免疫系統，以改善現有的并開發新的治療方法。